El Programa de Monitoreo en Áreas Naturales Protegidas -biológico y social- de la Secretaría de Medio Ambiente e Historia Natural, adscrito a la Dirección de Áreas Naturales y Vida Silvestre, cuenta con personal que se encarga de realizar el monitoreo de anfibios y reptiles, en reservas de administración estatal de Chiapas.

Esta actividad se realiza de manera sistemática en los senderos definidos dentro de cada Área Natural Protegida, en los cuales se aplica la técnica de transecto lineal, obteniéndose datos sobre la presencia de especies y su abundancia, con el objetivo de evaluar los cambios o tendencias en la población.

De igual manera, se recaban datos biológicos (edad, sexo, medidas corporales, actividad del animal) y ecológicos (microhábitat, estrato y tipo de vegetación donde se encuentran), lo que permite ampliar el conocimiento general de estos organismos.

Los anfibios y reptiles tienen una gran importancia ecológica, como bioindicadores de calidad ambiental, terrestre y acuática, por lo que el monitoreo de este grupo es importante para su conservación dentro de las ANP estatales.